L’école militaire préparatoire de cavalerie d’Autun s’installe dans les murs de l’ancien séminaire acquis par la ville, et le 1er octobre 1886 les premiers élèves font leur entrée.A partir de 1921, l’école perd son particularisme d‘école de cavalerie en élargissant son enseignement militaire. L’école obtient son label d’école secondaire.
Dès 1924, l’école opte définitivement pour l’enseignement secondaire et prépare les élèves à la première partie du baccalauréat. Le 16 juin 1940, l’école militaire préparatoire d’Autun doit quitter la ville. Etablie successivement à Billom, Tulle, Chameyrat puis Valence, c’est là qu’elle prend la dénomination d’école d’Autun et fonctionne ainsi jusqu’en 1943. De1943 à 1944, elle est déplacée à Thol, puis à Bourg-en-Bresse avant de retrouver définitivement sa ville d’origine, sous l’appellation d’école militaire préparatoire d’Autun. A l’issue de la seconde guerre mondiale, l’école se développe en ouvrant de nouvelles classes de terminale. En 1951 la corniche Mac-Mahon pour la préparation du concours à l’ESM de Saint-Cyr option histoire et géographie est créée. Celle-ci sera supprimée en 1965 puis réactivée en 1970.